Süper bilgisayarlar Kovid-19 tedavisinin bulunmasına yardımcı olabilir mi?

Bu haftaki Futuris’te Euronews, biyoloji ve bilgisayar biliminin bir kombinasyonu olan biyomoleküler simülasyonun, Kovid-19 gibi hastalıkların daha iyi anlaşılmasına nasıl yardımcı olduğunu öğreniyor.

Bir aşı bulmak

Avrupa’daki diğer birçok araştırma enstitüsü gibi Euronews’in Barselona’da ziyaret ettiği kurum, etkili tedaviler veya aşı geliştirmek için SARSCoV-2’nin (Covid-19’a neden olan virüs) zayıf noktalarını bulmakla meşgul.

Ancak Araştırma Enstitüsü’nden Modesto Orozco’nun açıkladığı gibi, moleküler biyologlar çok çeşitli bilinmeyen zorluklarla uğraşıyorlar.

“Virüsün gelişmeye nasıl devam edeceğini düşünüyoruz? Yakınımızdaki hayvan türlerinde bulaşıcılığı ne kadar önemli olacak? Bu türlerden biri ne ölçüde uzun vadeli bir (virüs) rezervuarına dönüşebilir? Kovid-19’la mücadele eden yeni ilaçları nasıl bulabiliriz veya bulunmasına nasıl yardımcı olabiliriz? Daha etkili aşıların geliştirilmesine nasıl katkıda bulunabiliriz?” diye sordu.

Süper bilgisayar yardımı

Soruların hacmi ve karmaşıklığı göz önüne alındığında, araştırmacılar MareNostrum adı verilen bir süper bilgisayara yöneldiler. Dördüncü versiyonu saniyede on bir bin trilyon işlem gerçekleştirebiliyor.

Yüksek Performanslı Bilgisayar, iklim değişikliği ve yerçekimi dalgaları gibi konularda farklı alanlarda çalışan yüzlerce araştırmacıya yardımcı oldu.

Ayrıca artık SARS-CoV-2 araştırmalarının desteklenmesine de yardımcı oluyor.

Hesaplamalı Biyomoleküler Araştırma Mükemmeliyet Merkezi, bilgisayar bilimi, biyoloji ve biyofizik ekiplerinin bir buluşa ulaşmak için birlikte çalıştığı yerdir.

Biyofizik profesörü Erik Lindahl’ın açıkladığı gibi, çeşitli bulaşıcı hastalıklardaki farklı virüslerin özelliklerine bakan bütünleştirici modelleme ve moleküler simülasyonlar, Stockholm’de hâlihazırda kullanılıyor.

“Bilgisayarlar olmasaydı yaptıklarımızı yapamazdık. Bilgisayarlar, başka türlü deneylerde göremeyeceğimiz şeyleri görmemizi sağlıyor. Örneğin sıvıların proteinlerin etrafında nasıl yayıldığını görmemizi sağlıyorlar. Bu bir yapı değil. Onlar (sıvılar) sürekli hareket ediyorlar. Ve bunu başka hiçbir deneysel yöntem göremeyecek” dedi.

Ölçeklenebilir yazılım

Önemli bir husus erişilebilirliktir, dolayısıyla araştırmacılara hızlı bir şekilde doğru yanıtlar sunabilecek yaygın olarak kullanılan ve ölçeklenebilir yazılım araçları geliştirme çabasıdır.

Hesaplamalı biyofizik alanında araştırmacı olan Rossen Apostolov, “Bilimsel hesaplama çok zor bir alan. Bilim adamlarının, bilimi bilgisayarların gerçekten hesaplayabileceği ve size yanıtlar verebileceği terimlerle ifade etmek için karmaşık algoritmalar tasarlaması gerekiyor. Bu nedenle, yazılım uygulamalarını güçlü ama çok karmaşık hale getiren karmaşık algoritmalar tasarlamamız gerekiyor. Dolayısıyla, büyük bir zorluk, bu güçlü uygulamaları son derece kullanıcı dostu hale getirmektir” dedi.

Aralarında biyofizik profesörü Erik Lindahl’ın da bulunduğu bilim insanları, süper bilgisayarların tedavi ve hatta aşı tasarlamasının çok uzun sürmeyeceğine inanıyor.

“Buna beş ya da on yıl verin ve bence gelecekte haftalar ya da aylar içinde bulmamız gerektiğinde bilgisayarların yeni uyuşturucuları tespit etmede ana itici güç olacağını düşünüyorum. Henüz o noktaya gelmedik ama Avrupa’nın her yerinde yürütülen çalışmalar buna hızla katkıda bulunuyor” diye ekledi.

Kaynak: euronews