Avrupa, COVID-19’u yenmek için verileri bir araya toplamayı planlıyor

Futuris, bilim camiasının COVID-19’u yenmesine yardımcı olmak için verileri bir araya toplayan ve paylaşan iki Avrupa projesine bakmak için Marsilya ve Cambridge’e gidiyor.

Bilim dünyasının bir kısmı SARS-Cov2 virüsüyle mücadele ederken, Marsilya’daki Avrupa Virüs Arşivi gibi enstitüler de bu tür patojenlerin hala var olduğundan emin olmaya çalışıyor.

EVA, lansmanından bu yana geçen on iki yıl boyunca dünyanın en önemli veritabanlarından biri haline geldi. Virüsler, test maddeleri ve diğer malzeme türleri de dahil olmak üzere 3000’den fazla ürün barındırmaktadır.

EVA’nın proje koordinatörü Jean Louis Romette, “Bu koleksiyon sanal bir koleksiyon. Buradaki fikir, Fort Knox virolojisinde olduğu gibi tüm virüsleri aynı yere koymak değildi. Virüsler her laboratuvarda kalıyor” diyor.

Kâr amacı gütmeyen bu AB projesi, bilim insanlarına virüsle ilgili bir acil durum sırasında ihtiyaç duydukları bilgi ve materyali hızlı bir şekilde sağlamayı mümkün kılıyor.

Romette, “Koronavirüs Çin’de ortaya çıktığında, EVA organizasyonundaki koronavirüs araştırmacılarımız bu virüsün SARS ailesinden biri olduğunu hemen gördüler ve hızla hasta örneklerinde virüsü tespit edecek bir teşhis sistemi geliştirdiler” diye ekliyor.

Marsilya merkezli Enstitü, insan, hayvan ve bitki virolojik araştırmalarında kırka yakın son teknoloji laboratuvarı bir araya getiriyor. Çevrimiçi kataloğu, kullanıcıların genetik materyale ve diğer çeşitli ürünlere erişmesine olanak tanır. Korona virüs salgını çevrimiçi trafikte artışa yol açtı: Sadece iki ayda teşhis kitleri ve viral türlere yönelik talepler, önceki dört yılda alınan taleplerle eşleşti.

EVA’nın Pazar Stratejisi Geliştiricisi Christine Prat şöyle açıklıyor: “Yeni ortaya çıkan bir virüsünüz varsa ve onunla ilgili çok az veri mevcutsa, onu aynı aileden diğer mevcut virüslerle karşılaştırabilmek çok önemlidir. Dolayısıyla biyo-bankalar bu anlamda faydalıdır, çünkü yeni olanı zaten var olanla karşılaştırmamıza olanak tanırlar.”

Virolojik materyal araştırma merkezleri, laboratuvarlar, üniversiteler ve uzman şirketler tarafından gönderilmektedir. Ulaştığında test edilir, onaylanır ve bilimsel topluluk için önemli olan derinlemesine bilgilerle birlikte çevrimiçi bir kataloğa sunulur.

EVA’nın aldıklarını derlemekten Bruno Coutard sorumludur.

“Hücre kültürü teknikleriyle bilgi miktarını artırıyoruz. Hücre kültürlerini kullanarak virüsü büyütebiliyor, üretebiliyor ve ayırt edebiliyoruz. Ayırt etmeye, virüsün tam genom dizisini elde etmek için dizileme dediğimiz şey diyebiliriz. Bu, bu virüsü bilinen bir virüs türüyle ilişkilendirmemizi sağlıyor” diyor.

“Salgın sırasında çalışmak için fazla zamanınız olmuyor.”

EVA’nın Ortaya Çıkan Virüs Birimi Direktörü Xavier Lamballerie, bir salgın meydana geldiğinde bilim adamlarının güncellenmiş modellere ve çalışmalara hızlı bir şekilde güvenebilmesinin önemli olduğunu söylüyor.

“Bir salgın sırasında çalışmak için fazla zamanınız olmuyor. Salgınlar genellikle kısadır. İnsanlar farklı ve yeterince tanımlanmamış materyallerle çalışıyorsa, bunları karşılaştırmak için hiçbir zaman tüm çalışmaları bir araya getiremeyiz. EVA gibi bir referans koleksiyonunun rolü, çok hızlı bir şekilde, mümkün olduğu kadar çok ortağa, çok iyi tanımlanmış aynı ürünleri, böylece onlarla araştırma yapabilmelerini sağlamaktır.”

Fransız enstitü ayrıca gelişmekte olan ülkelere güvenilir ve kullanımı basit test kitleri göndererek yardım sağlayabildi.

Virüs Toplama Sorumlusu Remi Charrel, “EVA veri tabanı, dondurularak kurutulmuş, dolayısıyla oda sıcaklığında stabil olan teşhis araçlarını hazırlamamıza ve tepki vermemize, geliştirmemize olanak tanıyor. Bunlar soğutulmadan gönderilebilir. Kullanılabilirler, zaman içinde son derece stabildirler ve laboratuvarlar bunları sahadakilere benzer koşullar altında kullanabilir” diyor.

Pandemiyle mücadele eden biyoloji portalı

Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı veya EMBL, moleküler biyoloji çalışmaları için dünyanın en önemli merkezlerinden biridir. Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü’ne ev sahipliği yapan SARS-CoV-2 ile ilgili en son verilerin paylaşılması amacıyla Nisan ayında Avrupa COVID-19 Veri Platformu adı verilen bir proje başlatıldı.

Araştırma merkezlerinden ve hastanelerden toplanan bilgiler analiz edildikten sonra uluslararası bilim camiasının geri kalanına sunulur.

Kıdemli Bilimsel Hizmetler Sorumlusu Amonida Zadissa şöyle açıklıyor: “170’den fazla ülkeden 50.000’den fazla kişi buna erişti. Bu, küresel olarak erişilebilir olduğunu ve gerçekten de kullanıldığını gösteriyor. Portal aracılığıyla 2 milyonun üzerinde web isteği aldık ve indirilip araştırılabilecek 90.000’den fazla bilimsel makale aldık.”

Genom dizileri, proteinler ve mikroskop gözlemleri gibi verilerin tümü bir portala yüklenir. Platform ayrıca araştırmacıların farklı bilgi kaynaklarını incelemesine olanak tanıyan analitik araçları da içerir.

Guy Cochrane, Veri Koordinasyonu ve Arşivlemeden Sorumlu Ekip Lideridir: “Odak noktası, bilimsel çalışmalardan, halk sağlığından, laboratuvarlardan, kliniklerden üretilen ve bunların hepsini değerli bir bütün halinde bir araya getiren, kullanıcının verileri tükettiği ve bilimi üstüne inşa ettiği, erişimde gezinebildiği ve tek bir yerde bulunan veriler içinde dolaşabildiği yeni verilerdir.”

Veri merkezlerinden oluşan bir ağ

COVID-19 Veri Portalı, daha geniş bir SARS-CoV-2 veri merkezleri ağı oluşturmanın ilk adımı olarak görülüyor. Sonuçta bunlardan elde edilen bilgiler küresel araştırma topluluğu için kapsamlı bir tablo sunacaktır. Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı Direktörü Rolf Apweiler, veri ve bilgi paylaşımının iyileştirilmesinin önemli olduğunu söylüyor.

“Hedefimiz, öncelikle merkezi bir veri tabanında depolanmış olan tüm verileri toplamak ve bunları portalda bir araya getirmek, ardından şu anda toplanan genetik verilere bağlanmak ve son olarak da orada bulunan klinik verilere bağlanmak. Dolayısıyla kullanım oldukça hızlı bir şekilde artıyor. Alım harika, çok fazla geri bildirimimiz var, gelecekte birçok işbirliğimiz var. Yani bilim en iyi şekilde çalışıyor.”

Cambridge’deki bilim insanları, Kovid-19’a karşı mücadelenin küresel bir mücadele olduğu konusunda net ancak verileri bu şekilde paylaşmanın aşıya giden yolu kısaltacağından eminler.

Avrupa COVID-19 Veri Platformu, Avrupa Komisyonu ve ulusal otoritelerin 10 kısa vadeli araştırma ve yenilik eylemiyle koronavirüsle mücadele etmeye yönelik bir girişimi olan ERAvsCorona Eylem Planı’nın eylemlerinden biridir. Eylem planı, Avrupa Araştırma Alanının (ERA) genel hedeflerine ve araçlarına dayanmaktadır.

Kaynak: euronews